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目的 研究海南省屯昌蚊种多样性，并进行系统发育分析。方法 2019年8月以人诱法采集海南省屯昌县蚊虫标本，HotShot法提取蚊虫DNA,PCR扩增ITS2基因片段，测序，经BLAST比对明确蚊种，用Mega X软件进行系统发育分析。结果 采集到蚊虫43只，其中18只雌蚊成功测序，分别为骚扰阿蚊6只，占33.33%；白纹伊蚊5只，占27.77%；白雪库蚊和淡色库蚊各2只，河滨伊蚊1只，未定种库蚊2只。ITS2基因序列变异位点比例为54.09%，具有较高的变异性，不存在碱基替换饱和。系统发育分析显示，海南省屯昌的不同蚊种分别与美国、斯里兰卡、日本、芬兰、希腊、以色列以及中国的重庆、上海、福建的相...

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DNA条形码 分子鉴定 进化分析 内转录间隔区2 蚊

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目的 以COI基因和ND1基因作为DNA条形码对水泡带绦虫海南株进行分子鉴定和系统发育分析。方法 PCR扩增COI基因和ND1基因片段，GenBank数据库中进行BLAST多序列比对确定虫种。使用MEGA11软件构建基于邻接法的COI基因和ND1基因系统发育树，并计算基于K2P模型的种内遗传距离和种间遗传距离；分析核苷酸组成，计算碱基转换率、碱基颠换率及碱基转换与颠换比值。使用DNAsp软件分析COI基因和ND1基因的单倍型多样性。登录ABGD网站检测COI基因和ND1基因是否存在明显的DNA barcoding gap,以评估COI基因和ND1基因作为DNA条形码进行物种分子鉴定的有效性。利...

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COI基因 DNA条形码 ND1基因 水泡带绦虫

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目的 了解海南臭虫种类及内共生菌Wolbachia的感染情况，并探讨海南臭虫COI基因和Wolbachia的wsp基因的序列特征及系统发育关系。方法 2019年5月采集海南臭虫92只，提取基因组DNA,PCR扩增臭虫COI基因和Wolbachia表面蛋白基因wsp序列并测序。BLAST多序列比对确定物种；MEGA 11软件对序列进行碱基含量、保守位点、可变位点的计算和系统发育分析；SDT软件对序列两两比对，进行聚类分析。结果 海南热带臭虫COI基因序列长度637 bp, G+C含量为37.21%,A+T含量为62.79%。与GenBank中热带臭虫COI序列比对显示，保守位点占99.84%。从...

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COI基因 Wolbachia 分子鉴定 热带臭虫 系统发育分析

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目的 采用DNA条形码coi基因对海南省文昌市采集的双翅目毛蠓科未知昆虫进行分子鉴定，建立标准化分子鉴定流程，并为相关疾病的流行风险提供防控依据。方法 诱蚊灯法采集海南省文昌市双翅目毛蠓科昆虫，碱裂解法提取基因组DNA,PCR扩增coi基因出现特异性条带的产物进行Sanger测序，序列在NCBI中进行BLAST同源比对，结合形态学特征初步确定物种。使用MEGA X软件通过计算遗传距离、构建系统发育树进行分子进化分析。结果 出现特异性条带的5个PCR产物经测序、同源比对后，与星斑蛾蚋序列相似性最高，确定该物种为星斑蛾蚋(Psychoda alternata)。海南省文昌市星斑蛾蚋coi序列的核苷...

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coi基因 DNA条形码 分子鉴定 双翅目 系统发育分析 星斑蛾蚋

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目的为了评估35个InDel位点在中国柯尔克孜族中的法医学应用价值、探讨柯尔克孜族的遗传背景。方法本文使用自主研发的35-InDel体系对214名柯尔克孜族无血缘关系的健康个体进行InDel分型检测,计算35个InDel位点在柯尔克孜族中的等位基因频率和法医学参数,并采用D_A、F_(ST)、主成分分析、系统发育分析、STRUCTURE分析等方法研究了柯尔克孜族与其他参考群体的遗传关系。结果 35个InDel位点在柯尔克孜族中的平均He、PIC和DP分别为0.471 9、0.358 5和0.605 3,累积个体识别率和累积非父排除概率值分别为0.999 999 999 999 994和0.99...

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插入/缺失多态性 法医遗传学 基因多态性 柯尔克孜族

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目的 重组是肠道病毒进化的重要机制,大多数重组事件发生在包括P2和P3的肠道病毒的非编码区中,但是在埃可病毒30株中首次发现了作为蛋白质编码区的VP4区域中的重组,本研究旨在探讨柯萨奇病毒B5(CVB5)中是否存在类似的重组事件.方法 从GenBank中检索CVB5的核苷酸序列,分别在5''UTR和VP1区域中进行系统发育分析.此外,跨越5''UTR-VP4-5''VP2的部分基因组用于检测重组并使用序列相似性作图(Similarity plot)来分析重组体.结果 5''UTR和VP1系统发育树显示5''UTR和VP1之间有4个病毒株位于不同簇中,表明这些病毒株中存在重组事件.Similarity plot分析表明,CVB5 AY875692的5''UTR-VP4-5''VP2区域存在交叉,序列分析证明VP4区域存在重组位点.结论 CVB5在VP4区域具有重组事件,表明结构蛋白编码区亦可作为CVB5重组的候选基因位点.

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基因重组 柯萨奇病毒B5 系统发育分析

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系统发生树重建是生物信息学中一项重要的基础研究，它描述一个蛋白或基因家族如何进化而来。传统的利用测序数据进行系统发育分析的方法，大多基于双序列或多序列比对，并使用极大似然估计等方法来构建理想的系统发生树。然而这是一个计算密集且需要复杂参数调优的过程，对大规模低相似度序列集而言，此类方法往往表现欠佳。 近些年来，基于kmer或substring的非比对方法提供了另一种系统发生树重建途径。这类方法巧妙的绕开了序列比对过程，解决了基于比对方法计算复杂度高并且耗时的缺点。但是，大多非比对的方法忽略了全局序列之间的相似性关系和挖掘序列集中有特殊含义的序列模式，比如频繁出现在序列集中的模式。为了克服上述缺点，我们提出基于序列模式挖掘算法的非比对方法来构建系统发生树。首先，通过对输入序列集进行模式挖掘，构造得到经优化的模式空间。然后，根据模式空间进一步将序列集转换为二进制模式向量集或每个模式被赋有权重信息的模式向量集。最后，计算每两条数值向量之间的距离得到距离矩阵，通过对距离矩阵进行聚类分析等，构建得到合理的系统发生树。 为了快速准确地构建系统发生树，本文提出的方法除考虑每个模式的权重信息外，还考虑非闭合模式的过滤操作。相比于其他非比对的方法，不管是在模拟数据中的测试还是在真实数据中的测试，我们提出的非比对方法都可以构建一棵满意的系统发生树，尤其针对大规模低相似度的序列集。

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多序列比对 系统发生树 序列模式挖掘

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背景：蠕形螨分类隶属节肢动物门、蛛形纲、蜱螨亚纲、真螨目、蠕形螨科、蠕形螨属。自1842年发现以来，已报道有140个种或亚种，寄生在11目哺乳动物毛囊、皮脂腺、睑板腺等油脂分泌旺盛的部位。寄生在人的蠕形螨可引起面部毛囊糠疹、酒渣鼻、痤疮和睑缘炎等症状；寄生在动物的蠕形螨可引起犬“癞皮病”和山羊“羊痘”等等，严重危害人畜健康。长期以来，蠕形螨传统分类首先依靠所寄生宿主来分类，当同一宿主有两种或两种以上蠕形螨寄生，则以寄生部位和形态特征进行鉴别，然而，寄生在不同宿主或同一宿主蠕形螨表型存在的多样性，给形态分类带来很大困难，加之从事寄生虫学科蛛形纲蜱螨亚纲研究的工作者日益缺乏，形态鉴定面临更大挑战。近几十年来，飞速发展的分子生物学分类鉴定技术，尤其是新兴的DNA条形码的问世，使得通过一段标准目的DNA片段对物种进行准确快速分类鉴定成为可能。目前DNA条形码在节肢动物门蛛形纲的应用才刚刚起步，尤其在蠕形螨科几乎空白。 方法：1.采用透明胶带粘贴法自感染者脸部粘取毛囊蠕形螨(D.folliculorum)和皮脂蠕形螨(D.brevis)，采用刮取法自癞皮病犬获取犬蠕形螨(D.canis)，自山羊“羊痘”挑取干酪样物质获取山羊蠕形螨(D.caprae)。利用视频显微镜拍摄螨虫形态；2. 依据宿主和形态对蠕形螨进行初步鉴定；3.采用Chelex-100法提取蠕形螨gDNA；4.选择DNA条形码研究常用的线粒体COI (mtDNA COI)、线粒体12S (mtDNA 12S)、核糖体28S D5（rDNA 28S D5 ）、核糖体28S D6（rDNA 28S D6）、核糖体28S D8（rDNA 28S D8）、核糖体ITS（rDNA ITS)6个基因片段，在Genbank数据库中检索真螨目六个基因的序列，通过序列比对设计通用引物，梯度PCR扩增并测序；5.序列比对分析，将扩增的6个基因和检索到的两个基因mtDNA CO1-429bp，mtDNA 16S-339bp分别进行序列比对；6.计算基因差异率，得出序列相似度，以此为依据分类种内种间；7.系统发育分析，利用MEGA5.0软件，以分子鉴定涉及的科的序列为依据，构建NJ树（邻接法）、ML树(最大似然法)，对8种基因的序列进行系统发育分析，以真螨目为外群，包括粉螨科、麦食螨科、瘿螨科、叶满科等；8.DNA条形码筛选，分别以8个基因为依据，比较各基因序列的插入与缺失，蠕形螨差异率频数分布图条形码间隙和各基因序列差异柱状图筛选蠕形螨分子鉴定的DNA条形码。 结果： 1）获得蠕形螨DNA样本：分别提取四种蠕形螨DNA共202个样本，获得序列140条，成功率为69.3%；mtDNA COI-604 bp、12S-517bp、rDNA ITS区-920bp、28S D5区-187bp、D6区-116bp和D8区-591bp成功率分别为35.7%~85.7%、20.0%~83.3%、31.6%~45.4%、71.4%~100%、71.4%~100%和85.7%~100%。 2）线粒体基因片段：mtDNA COI 5’604 bp获得D.folliculorum6株、D.canis7株、D.caprae5株和D.brevis6株，长度均为604 bp；种内差异0%~2.0%，种间差异21.1%~31.0%，D.folliculorum与D.canis最小21.1%~22.3%，与D.brevis差异最大29.0%~31.0%；NJ和ML系统发育树相似，也表明D.folliculorum与D.canis亲缘关系较D.caprae和D.brevis近。12S-517bp结果与mtDNA COI-604 bp相似，获得D.folliculorum5株、D.canis5株、D.caprae5株和D.brevis9株，长度504 ~512 bp；种内差异0~1.4%，种间差异20.8%~26.9%，D.folliculorum与D.canis序列差异较D.folliculorum与D.brevis近，D.folliculorum与D.canis的亲缘关系较D.caprae和D.brevis近。 3）核糖体基因片段：ITS区-920bp获得D.folliculorum5株、D.canis6株、D.caprae5株和D.brevis8株，长度871~906 bp。种内差异0.2%~10.1%，种间差异0.1%~10.4%，几乎完全重叠；NJ和ML系统发育树也显示，四种蠕形螨均未各自聚为一支，无法有效鉴别。28S D5区-187bp获得四种蠕形螨分别为6株、6株、5株和6株，测序长度差异较大，为120~187 bp，出现了序列插入和缺失；种内差异四种蠕形螨均在1.7%以内，而种间差异与D.folliculorum比对，D.caprae最大49.7%-51.3%，D.canis最小19.0%~21.1%，D.brevis为21.7%-22.7%。28S D6区-116bp获得四种蠕形螨分别为6株、6株、5株和6株，长度76~107 bp，种内差异为0~3.0%；种间差异与D.folliculorum比对，D.canis碱基缺失最长40 bp，差异率为37.5%-45.2%，D.caprae为12.5%-14.1%，D.brevis为12.3%-15.6%。28S D8区-591bp获得四种蠕形螨分别为5株、5株、6株和6株，长度469~591 bp，种内差异在D.folliculorum、D.canis和D.caprae均较小，为0~1.1%，而D.brevis较大，为0.2%~8.1%；种间差异与D.folliculorum比对，D.brevis因缺失89~97 bp，差异最大为37.4%-38.6%，D.canis插入23~25 bp，差异为9.9%-11.0%，D.caprae尽管缺失仅2 bp，但差异为11.9%-13.2%。28S D5区-187bp、D6区-116bp和D8区-591bpNJ树和ML树系统发育分析均显示相似的聚类结果，四种蠕形螨各自聚为一支，D.folliculorum与D.canis的亲缘关系近于D.caprae与D.brevis。 4）DNA条形码筛选：在纳入8个基因片段中，线粒体4个基因片段均可有效地鉴别四种蠕形螨，种内差异和差异间隙12S-517bp均最好0~1.4%和19.4%，其次为COI-604 bp 0%-2.0%和19.1%、16S-339bp 0-2.8%和13.0%以及COI-429 bp 0-3.1%和11.3%；种间差异分别为12S-517bp 20.8%-26.9%、COI-604 bp 21.1%-31.0%、16S-339bp 15.8%-27.1%和COI-429 bp为14.4%-28.4%；相比而言，12S-517bp更适合作为四种蠕形螨的DNA条形码。核糖体4个基因片段除ITS区由于种内与种间序列差异出现重叠无法进行鉴定外，28S D5区-187bp、D6区-116bp和D8区-591bp三个可变区同样可以有效地对四种蠕形螨进行鉴定，种内差异分别为0~1.7%、0~3.0%和0~3.0%，种间差异分别为19.0%~53.2%、6.3%~45.2%和9.9%~43.9%，差异间隙分别为17.3%、3.3%和1.8%，序列长度分别为134~187 bp、76~116 bp和472~591 bp，可见D5-187bp区作为DNA条形码更合适。 结论： 1）在线粒体4个基因片段，相对于COI-604 bp、COI-429 bp和16S基因片段，12S-517bp因其种内差异最小和差异间隙最大更适合作为四种蠕形螨的DNA条形码； 2）在核糖体4个基因片段，ITS区因其种间种内差异重叠不存在差异间隙无法进行四种蠕形螨的分子鉴定，而在28S D5-187bp、D6-116bp和D8-591bp三个可变区，鉴于D5-187bp区长度适中、种内差异最小，差异间隙最大，更适合作为四种蠕形螨的DNA条形码； 3）相对于mtDNA 12S-517bp，rDNA 28S D5区-187bp存在较大的插入或缺失，可直接通过PCR电泳鉴定而省去繁琐的克隆与测序过程。因此，本研究最终认为rDNA 28S D5-187bp区是四种蠕形螨分类鉴定最理想的DNA条形码。

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DNA条形码 mtDNA 基因片段 rDNA 基因片段 分子鉴定 四种蠕形螨

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大黄原植物包括药用大黄（Rheum officinale Baill.）、掌叶大黄（R. palmatum L.）和唐古特大黄〔R. tanguticum（Maxim. ex Regel）Maxim. ex Balf.〕及其变种六盘山鸡爪大黄（var. liupanshanense C. Y. Cheng et T. C. Kao）。本课题组基于形态学及分子标记研究结果，表明大黄原植物三个种之间界限不明确，存在过渡类型，应该作为种的复合体处理，但在复合体内仍然存在着一定程度的形态分化。无论是前人还是本课题组对不同来源的3种大黄原植物的化学成分研究结果，均表明不同产地大黄的化学成分在含量上具有显著差异，表现在道地产区药效成分的含量高于非道地产区。因此，本研究在3种大黄原植物的分布区内采取连续居群取样的方法，以大黄查尔酮合酶基因（CHS1）为标记，对大黄原植物整个分布区内的35个居群进行基于分子谱系地理学的大黄道地性形成机制的相关研究，分析CHS1基因的SNPs（single nucleotide polymorphisms）与大黄蒽醌类成分的相关性，结合大黄原植物居群的遗传分化模式探讨其与大黄道地性形成机制的相关性，并推测了大黄原植物现在谱系地理格局形成的原因，结果如下： （1）本研究扩增、克隆测序拼接后得到的查尔酮合酶基因CHS1全长约1600 bp左右，基于CHS1扩增共得到211条序列，分析得到45个简约信息位点，然后对这些位点进一步分析发现存在8个典型的SNPs位点，可将其分Type 1和Type 2两种类型： Type 1：45G-536A-537G-598T-660T-979C-1066T-1074G Type 2：45A-536C-537A-598A-660G-979T-1066C-1074C 不同居群查尔酮合酶基因CHS1构建的系统发育树分成两大支，将其对应居群（Group 1和Group 2）的化学成分含量比较，发现Group 1对应居群的游离蒽醌类成分显著高于Group 2的对应居群，Group 1大多数为大黄道地产区的居群，所对应的查尔酮合酶SNPs为Type 1；Group 2大多数为非道地产区的居群，对应的SNPs类型为Type 2，由此我们得出CHS1典型的SNPs类型和大黄道地性可能具有相关性，体现在Type 1对应高游离蒽醌含量，主要分布在道地产区，为道地产区主流基因型，Type 2对应低游离蒽醌含量，为非道地产区主流基因型，即可以根据该基因型的主流程度以区分道地产区和非道地产区。 （2）HT = 0.9350，表明大黄原植物具有较高的遗传多样性。AMOVA分析的结果 Fst = 0.7688，说明大黄原植物具有较高的居群间的遗传分化。 （3）基于CHS1基因在大黄原植物35居群共检测到47个单倍型，以其近缘种华北大黄（Rheum franzenbachii Munt.）及心叶大黄（Rheum acuminatum Hook. f. & Thomson）为外类群，分别构建的ML树、MP树、贝叶斯树和NJ树的拓扑结构基本一致，都分为支持率较高2支（Clade 1和Clade 2），Clade 1包括28种单倍型，主要分布在西藏、甘肃、青海及四川西南部的居群中；Clade 2中共19种单倍型聚为一支，主要分布在宁夏、陕西、陕西与四川交界处、山西、河南、贵州和云南等地的居群中。单倍型Network分析结果支持分成2支的格局，且有明显的地理分布。 由NST > GST （P < 0.05）表明大黄原植物居群间存在明显的谱系地理学结构，Mantel检验结果表明，大黄原植物的遗传距离与地理距离之间存在显著相关性，Nm = 0.1118，表明限制性基因流的存在，推测地理隔离是大黄原植物居群间产生遗传分化的重要因素之一。大黄原植物居群的这种分化模式属于受距离影响有限基因流的分化模式，发现其具有Type 1和Type 2两种不同的SNPs类型，因此，我们可以说大黄原植物居群水平的这种遗传分化模式不仅与其道地性的形成相关，且这种相关性在大黄道地与非道地产区之间留下了DNA差异的“烙印”，也即本实现发现的大黄查尔酮合酶基因的两种SNPs类型。 （4）利用分子钟估算2支开始分化的时间为1.54 Mya左右，属于更新世，单倍型H1和单倍型H4处于单倍型谱系图的中心位置，推测其可能为较为原始的单倍型。单倍型H4在甘肃、青海和四川的交界处具有分布，这些居群地处中国地形的第一阶梯和第二阶梯的交界地带，青藏高原的东北部边缘和四川盆地的南部，秦岭的西部地带，分布有岷山等地形地貌复杂的大型山体，推测其为大黄原植物Clade 1的冰期避难所。单倍型H1主要分布在陕西秦岭的中段地带，地貌复杂，可能是Clade 2冰期避难所。对2分支进行中性检验和适配分布分析结果显示2支均经历了居群近期扩张。Clade 1居群扩张时间在7.04万年左右，Clade 2扩张时间在4.02万年左右。因此，推测当冰期来临时剧烈的气候变化，迫使大黄原植物退却寻找到其避难所，之后Clade 1和Clade 2的大黄原植物分别在7.04万年和4.02万年左右随着气温回暖，适宜分布区扩大，发生居群扩张，逐渐形成现在的地理分布格局。 （5）对大黄原植物的系统发育分析结果表明，唐古特大黄叶的深裂状态属于多次起源，由单倍型Network分析，唐古特大黄和掌叶大黄具有共享单倍型，因此，推测这种叶片深裂的类型可能是由叶片半裂状态的种群演化而来。由此也进一步证明，大黄原植物不应该被划分为三个种，而只是一个种。

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查尔酮合酶基因 大黄 单核苷酸多态性 道地性 谱系地理学

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Abstract ：

背景： 粉螨是一类体型微小的节肢动物，肉眼看似一粒散落的面粉，故俗称“粉螨”。分类学隶属于节肢动物门、蛛形纲、蜱螨亚纲、真螨目、粉螨亚目。因其对食品、干果、中草药等储藏物造成巨大的经济损失，同时也导致人体螨病和变态反应性疾病影响人类健康而成为重要的公共卫生问题，逐渐引起人们的关注。粉螨因其种类繁多、表型具有多态性、种属间形态相似，不同种类的粉螨栖息环境具有重叠性，导致粉螨的形态学分类非常困难。国外对粉螨的分类先后存在5大分类系统，其分类结果存在一定分歧，主要在于分类阶元不同，有2~5个阶元不等；国内从事粉螨分类的人员较少，尤其是近十余年专业分类人才缺乏，研究几乎停滞。然而，近几十年飞速发展的分子生物学技术使粉螨在基因水平的DNA鉴定成为可能。DNA鉴定不受外界环境、性别、发育阶段等的影响，可以对形态鉴定进行验证和补充。DNA条形码技术作为新兴的分子分类手段，是建立在DNA鉴定的基础之上，通过一段标准目的DNA片段对物种进行准确快速的分类鉴定，目前在节肢动物昆虫纲已有广泛应用，但在蛛形纲粉螨亚目分类鉴定的应用几乎空白。 目的： 本论文的研究目的有三：1. 通过形态分类初步了解面食加工作坊和学生寝室寄生粉螨的种类；2. 采用直接测序法对形态分类进行补充和相互印证，完善粉螨分类鉴定系统；3. 筛选出粉螨分类鉴定合适的DNA条形码，为制定粉螨分子鉴定标准奠定基础。 方法： 1. 分别采用振筛分离法和透明胶带法分离面食加工作坊粉尘、学生寝室床尘中的粉螨，利用视频显微镜拍摄螨虫形态；2. 依据螨虫体型、足、皮纹、刚毛数量与排列特征等形态分类依据对粉螨进行分类；3. 采用Chelex-100法提取单只粉螨gDNA；4. 选择DNA条形码研究常用的核糖体ITS2 (rDNA ITS2)、线粒体COI (mtDNA COI)和线粒体16S (mtDNA 16S)分子标记，在Genbank数据库中检索粉螨亚目三个基因的序列，通过序列比对设计通用引物，梯度PCR扩增并测序；5. BLAST程序搜索本研究序列与Genbank中序列的相似性，确认近缘物种；6. 利用MEGA5.0软件，以分子鉴定涉及的科的序列为依据，构建NJ和ML系统发育树，对3种基因的序列进行系统发育分析，对实验取到的螨虫进行分子鉴定；7. 计算3种基因涉及的科内物种差异率，构建差异率频数分布图，依据条形码间隙筛选粉螨分子分类鉴定的DNA条形码。 结果： 1. 粉螨的形态分类：本研究从不同粉螨孳生环境中取样，共留取了170只不同种类具有代表性的形态典型的螨虫照片，根据螨虫的形态学分类依据归类。床尘2类螨虫样本依据背部皮纹均被鉴定，分别是粉尘螨（Dermatophagoides farinae）和屋尘螨（D. pteronyssinus）；而粉尘12类螨虫样本，因受粉螨相关分类书籍的匮乏和自身专业知识的限制，仅辨认出粉尘螨和腐食酪螨（Tyrophagus putrescentiae）2种；需要说明的是粉尘螨在粉尘和床尘中均被检出。 2. 粉螨的分子鉴定：对形态分类的13类/种共170个单只螨虫DNA样本通过设计通用引物仅成功扩增到八类69只螨虫，PCR扩增的成功率为40.6%。共获得103条序列，rDNA ITS2序列38条，mtDNA COI序列33条，mtDNA 16S序列32条。 序列比对分析结果显示，mtDNA 16S的变异位点占比73.3%（432/589）明显高于rDNA ITS2占比68.0%（374/550）和mtDNA COI占比54.8%（358/653）。螨虫样本No.1 、No.2、No.4、No.6、No.7、No.8最低相似度均大于95.1%，可初步判定为同一种螨虫；而螨虫样本No.3、No.5最低相似度为92.9%和86.3%，序列差异率大于通常种内的判定标准，需要进一步验证。 八类螨虫样本103条序列逐条BLAST比对进行螨种确认，被确认到种的有5个，属sp 1个，科sp 1个，待定1个。确认到种的分别是，螨虫样本No.1为粉尘螨、No.2 为屋尘螨、No.3为腐食酪螨、No.5为害嗜鳞螨（Lepidoglyphus destructor）、No.8为马六甲肉食螨（Cheyletus malaccensis）；而No.7仅被确认到属，皱皮螨属sp（Suidasia sp）；No.4被确认到科，粉螨科sp（Acaridae sp）；No.6无法确认是食甜螨科sp还是粉螨科sp，进一步通过系统进化树做确认。 对本次检测的69只螨虫序列与所在科水平Genbank中涉及的几乎所有相关序列构建系统发育树，三个基因的NJ和ML树拓扑结构基本一致。螨虫样本No.1与No.2均聚在麦食螨科，No.1与Genbank粉尘螨相聚，No.2与屋尘螨相聚，验证了形态鉴定和BLAST比对结果，确认No.1为粉尘螨，No.2为屋尘螨；然而，粉尘螨和屋尘螨在三个基因构成的系统树并未聚在一起构成尘螨属，而是被麦食螨科的其它属分开。No.3与No.4均聚在粉螨科，No.3与Genbank中的腐食酪螨聚为一支，确认No.3为腐食酪螨；No.4的序列独自聚为一支，未与Genbank中粉螨科的任何序列相聚，因此只能鉴定为粉螨科sp。No.5和No.6三种基因序列均聚在食甜螨科；No.5 在Genbank中虽然无mtDNA COI和mtDNA 16S序列，但在rDNA ITS2中与食甜螨科的害嗜磷螨相聚，说明No.5为害嗜鳞螨，与BLAST结果一致；而No.6未与Genbank中任何序列聚为一支，因此只能鉴定为食甜螨科sp。No.7 在mtDNA COI和mtDNA 16S的进化树未与Genbank中相应序列相聚，但在rDNA ITS2系统进化树中与皱皮螨科皱皮螨属相聚，验证了BLAST比对鉴定为皱皮螨属sp是正确的。No.8仅获得了mtDNA COI序列，与Genbank中的马六甲肉食螨相聚，确认BLAST鉴定为马六甲肉食螨的结果。 对分子鉴定到粉螨科sp、食甜螨科sp和皱皮螨属sp的三类螨虫样本进一步进行科/属内形态鉴定。通过查阅文献和相关书籍，确认No.6食甜螨科sp为棕脊足螨 （Gohieria fusca）。螨虫样本No.4粉螨科sp、No.7皱皮螨属sp未查找到形态相似的物种。 本研究通过序列差异率、BLAST比对和系统发育树相结合，成功对八类螨虫样本进行鉴定，隶属5个科，分别是粉螨科、麦食螨科、食甜螨科、皱皮螨科和肉食螨科。螨虫样本No.1，2，3，5，6，8被鉴定到种水平，分别为粉尘螨，屋尘螨，腐食酪螨，害嗜磷螨，棕脊足螨，马六甲肉食螨；螨虫样本No.7被鉴定到属水平，即皱皮螨科，皱皮螨属sp（Suidasia sp）；螨虫样本No.4被鉴定到科水平，即粉螨科sp（Acaridae sp）。 3. DNA条形码筛选：对粉螨科、麦食螨科、食甜螨科、皱皮螨科进行种内、种间和属间频数分布图绘制。粉螨科频数分布图显示，rDNA ITS2种内物种差异率范围为0.0-7.2%，种间2.0-8.3%，属间23.6-43.7%，可以看出，种内与种间存在差异重叠，但种间与属间没有重叠，存在明显差异间隙（15.3%），因此rDNA ITS2虽不能用于种内与种间鉴定，但可以用于种间与属间鉴定；mtDNA COI在种内与种间、种间与属间均存在重叠，所以不能用于属及以下低阶元鉴定；而mtDNA 16S种内与种间、种间与属间均存在差异间隙，分别是15.5%和11.5%。可见相对于rDNA ITS2和mtDNA COI，mtDNA 16S可用于粉螨科低阶元种内、种间与属间的分子鉴定。 麦食螨科，在种内与种间的差异间隙mtDNA16S明显大于mtDNACOI，而rDNA ITS2缺乏差异间隙；在种间与属间三个基因均存在明显重叠。因此mtDNA 16S只能用于麦食螨科种内与种间的分子鉴定，并且优于mtDNACOI；但三个基因均不能用于种间与属间鉴定。 食甜螨科和皱皮螨科Genbank中数据较少。食甜螨科rDNA ITS2与mtDNA COI仅有种内和属间数据，缺少种间数据，两个基因的种内与属间存在差异间隙，分别为16.8%与18.9%；而mtDNA 16S的种内与种间、种间与属间均存在差异间隙，分别为12.2%和22.1%。因此就所得的结果，建议mtDNA16S可作为食甜螨科分子鉴定的DNA条形码，但有待证实。皱皮螨科三个基因数据更缺，rDNA ITS2种内和种间数据存在重叠，不能进行种内与种间鉴定，mtDNA COI和 mtDNA 16S仅有种内数据，无法判定。 结论： 1. 西安地区面食加工作坊粉尘中有粉螨孳生，种类达12种之多；学生寝室床尘中孳生有屋尘螨和粉尘螨2种螨虫；粉尘螨既可在粉尘中孳生，又可在床尘中孳生。 2. 在八类经分子鉴定的螨虫样本中，被确认到种的有6个，属sp 1个，科sp 1个；分子鉴定不仅能与形态鉴定相互印证，而且对形态鉴定有困难的种类进行补充鉴定。 3. 相对于rRNA ITS2和mtDNA COI，mtDNA16S为粉螨亚目粉螨科、麦食螨科分子分类鉴定合适的DNA条形码，尤其适用于种内与种间低阶元鉴定。

Keyword ：

DNA鉴定 DNA条形码 粉螨 形态分类

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